STMIK-STIE MIKROSKIL juga mempunyai tujuan menghasilkan lulusan yang berjiwa besar dan memiliki kemampuan memimpin serta memiliki kemampuan berkomunikasi. Untuk mewujudkan hal ini, maka wadah yang ideal adalah melalui organisasi kemahasiswaan. Oleh sebab itu, STMIK-STIE MIKROSKIL senantiasa memfasilitasi dan mendorong terbentuknya organisasi kemahasiswaan dan berbagai kegiatan kemahasiswaan.
Organisasi mahasiswa diselenggarakan dari, oleh, dan untuk mahasiswa dengan menganut azas manajemen terbuka, tidak diskriminatif, mandiri, kekeluargaan, efektif, efisien, dan transparan, yakni:
Kegiatan organisasi mahasiswa di STMIK-STIE Mikroskil adalah wahana pembelajaran dan latihan kepemimpinan, manajerial, serta kerja sama sebagai upaya memperkuat jati diri mahasiswa.
Organisasi mahasiswa tingkat sekolah tinggi yang disebut dengan Pemerintahan Mahasiswa (PEMA), Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) adalah organisasi yang kegiatannya berada di dalam koordinasi sekolah tinggi melalui Pembantu Ketua III bidang kemahasiswaan, sedangkan organisasi mahasiswa program studi yang disebut Himpunan Mahasiswa Program Studi (HMPS) berada di bawah naungan program studi bekerja sama dengan Pembantu Ketua III bidang kemahasiswaan.
Organisasi mahasiswa di STMIK-STIE Mikroskil yang sah akan memperoleh pelayanan dan izin menggunakan fasilitas STMIK-STIE Mikroskil sesuai dengan ketentuan penggunaan fasilitas STMIK-STIE Mikroskil yang berlaku.
Pembiayaan untuk keperluan organisasi dapat diperoleh dari sumber-sumber keuangan sebagai berikut:
STMIK-STIE Mikroskil dalam hal ini Pembantu Ketua III bidang kemahasiswaan dapat mencabut hak organisasi mahasiswa apabila terbukti: