Program Studi Sistem Informasi dengan jenjang studi S1, mulai diselenggarakan tahun 2000 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 113/Dikti/Kep/2000 tanggal 24 April 2000 dan bernaung di bawah Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan Komputer (STMIK) MIKROSKIL di Medan. Program Studi dipimpin oleh seorang Ketua Program Studi yang dibantu oleh seorang Sekretaris dan Tenaga Administrasi untuk melaksanakan kegiatan-kegiatan administrasi proses belajar mengajar/akademik, administrasi umum, dan lainnya. Pelaksanaan program studi dibantu oleh berbagai unsur yang berada dalam naungan STMIK-MIKROSKIL, di antaranya Unsur Pelaksana Administrasi Akademik, Unsur Pelaksana Administrasi Umum dan Keuangan, Bagian Administrasi Kemahasiswaan, Perpustakaan, Pusat Penelitian dan Pengabdian Pada Masyarakat, Unit Pelaksana Teknis Laboratorium Komputer dan Pembelajaran Elektronik, serta Pusat Sistem Informasi.

Pada tahun 2002, status Program Studi telah terakreditasi dengan Peringkat Akreditasi C berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 007/BAN-PT/Ak-V/S1/V/2002 tertanggal 6 Mei 2002.

Pada tahun 2006, status Program Studi telah direakreditasi dengan Nomor 008/BAN-PT/Ak-X/S1/VII/2006 tertanggal 13 Juli 2006 dengan Peringkat Akreditasi B.