STMIK-STIE MIKROSKIL selaku lembaga pendidikan tinggi dalam gerak langkahnya memiliki struktur organisasi. Struktur organisasi STMIK-STIE MIKROSKIL adalah sebagai berikut:
| :. YAYASAN BINA PERTIWI |
| Ketua Yayasan |
Irwanto |
| Ketua BPH |
Tien Irawaty |
| :. PIMPINAN |
| Ketua STMIK |
Dr. Mimpin Ginting, M.S. |
| Ketua STIE |
Ir. Mbayak Ginting, S.Kom., M.M. |
| Wakil Ketua I |
Djoni, S.Kom., M.T.I. |
| Wakil Ketua II |
Paulus, S.Kom., M.T. |
| Wakil Ketua III |
Saliman, S.T. |
| :. JURUSAN/PROGRAM STUDI |
 TEKNIK INFORMATIKA (S-1) |
| Ketua |
Ng Poi Wong, S.Kom., M.T.I. |
| Sekretaris |
Hardy, S.Kom. |
| Kepala Lab. Elektronika Instrumentasi |
Drs. Herli Ginting, M.S. |
| |
| SISTEM INFORMASI (S-1) |
| Ketua |
Gunawan, S.Kom., M.T.I. |
| Sekretaris |
Murdiaty, S.Kom., M.T.I. |
| |
| MANAJEMEN (S-1) |
| Ketua |
Hanny Siagian, S.E., M.Si. |
| Sekretaris |
Eko Yuliawan, S.E. |
| |
| AKUNTANSI (S-1) |
| Ketua |
Andreani Caroline Barus, S.E. |
| Sekretaris |
Agustina, S.Kom. |
| |
| MANAJEMEN INFORMATIKA (D-3) |
| Ketua |
William, S.Kom. |
| Sekretaris |
Afen Prana Utama, S.T. |
| |
| KOMPUTERISASI AKUNTANSI (D-3) |
| Ketua |
Syanti Irviantina, M.Kom. |
| |
| :. SATUAN DUKUNGAN AKADEMIK |
| PUSAT PENELITIAN DAN PENGABDIAN PADA MASYARAKAT |
| Ketua |
Roni Yunis, S.Kom., M.T. |
| |
| BAGIAN ADMINISTRASI AKADEMIK |
| Kepala |
Fandi Halim, S.Kom., M.Sc. |
| Kepala Subbagian Pendidikan dan Pengajaran |
Risnawaty, S.Kom. |
| Kepala Subbagian Tenaga Akademik |
Nanang Widianto, S.Kom. |
| Kepala Subbagian Pelayanan Administrasi Akademik |
Yanuar, S.Kom. |
| Kepala Subbagian Nilai dan Statistik |
Hernawati Gohzali, S.Kom. |
| |
| UPT PERPUSTAKAAN |
| Kepala |
Rospi Marlena, S.Kom. |
| |
| UPT LABORATORIUM KOMPUTER |
| Kepala |
Kristian Telaumbanua, S.T., M.T. |
| |
| UPT PEMBELAJARAN ELEKTRONIK |
| Kepala |
- |
| |
| :. SATUAN DUKUNGAN MANAJEMEN |
| PUSAT PENJAMINAN MUTU |
| Kepala |
Desi Arisandy, S.Kom. |
| |
| PUSAT SISTEM INFORMASI |
| Kepala |
Andri, S.Kom., M.T.I. |
| Kepala Bidang Pengembangan Sistem Informasi |
- |
| Kepala Bidang Pelayanan Teknologi Informasi |
Andrew Sagitta Jauhari, S. Kom. |
| Kepala Bidang Dukungan Teknologi Informasi |
Edi Suprianto, S.Kom. |
| |
| BAGIAN ADMINISTRASI UMUM DAN KEUANGAN |
| Kepala |
Eko Kornelius Sitepu, S.Si. |
| Kepala Subbagian Administrasi Umum dan SDM |
Dra. Rosmiar Alie |
| Kepala Subbagian Rumah Tangga dan Pengamanan |
Rades Omnah Siregar, A.Md. |
| Kepala Subbagian Logistik |
Wahyudi, S.P. |
| Kepala Subbagian Keuangan |
Sherly Joe, S.Kom. |
| :. KEMAHASISWAAN |
| BAGIAN ADMINISTRASI KEMAHASISWAAN DAN ALUMNI |
| Kepala Subbagian Pelayanan Kemahasiswaan |
Firdaus, A.Md. |
| Kepala Subbagian Pemasaran |
Eudora Agustina, A.Md. |
| Kepala Subbagian Pengembangan Kemahasiswaan |
Ronny Wiyanto, S.Kom. |
| Kepala Subbagian Kerja Sama dan Humas |
Jurick Christin, S.Kom. |
| Kepala Subbagian Karir dan Alumni |
Rayu Sri Wahyuni, S.H. |
